Está constituida por el Decano, el Interventor, el Secretario, cuatro vocales y los correspondientes Delegados en cada una de las ocho provincias andaluzas, según Artículo 27 de los Estatutos del Colegio Oficial de Ingenieros Agrónomos de Andalucía.
Miembros de la actual Junta de Gobierno
Decano: JERÓNIMO CEJUDO GALÁN
Secretario: CARLOS LORING LASARTE
Interventor: JULIÁN LANCHARRO CARRETERO
Delegado de Almería: ANTONIO ZAPATA SIERRA
Delegado de Cádiz: MIGUEL ÁNGEL OTTE DEL PINO
Delegado de Córdoba: DANIEL PIZARRO CAMACHO
Delegado de Granada: FRANCISCO JAVIER FERNÁNDEZ DOUGNAC
Delegado de Huelva: JOSÉ CARLOS GARCÍA ANDRÉS
Delegado de Jaén: JAVIER MORA MORAL
Delegado de Málaga: JOSÉ MARÍA BERGILLOS SERRANO
Delegado de Sevilla: JOSÉ MARÍA VARGAS SÁNCHEZ
Vocal: JAVIER GISTAS FERNÁNDEZ
Vocal: MIGUEL ÁNGEL MOLINERO ESPADAS
Vocal: JUAN MORENO MORENO
Vocal: JOSÉ ANTONIO SALINAS ANDÚJAR