Está constituida por el Decano, el Interventor, el Secretario, cuatro vocales y los correspondientes Delegados en cada una de las ocho provincias andaluzas, según Artículo 27 de los Estatutos del Colegio Oficial de Ingenieros Agrónomos de Andalucía.
Miembros de la actual Junta de Gobierno
Interventor: JULIÁN LANCHARRO CARRETERO
Vocal: JAVIER GISTAS FERNÁNDEZ
Vocal: MIGUEL ÁNGEL MOLINERO ESPADAS
Vocal: JOSÉ ANTONIO SALINAS ANDÚJAR